Судя по тому, что я читал в их проекте, эти маршруты выбраны как оптимальные, т.е. там есть по несколько остановок в средних городках на каждой линии. Отдельно Гданьск Вроцлав тянуть не будут, если не найдется достаточное количество мелких городов на прямой линии. (было посчитано, что минимальный радиус поворота это 3 км + прямые трассы обойдутся дешевле)

Насчет пересадок в столице, к сожалению такова доля столицы=) Все в нее стремятся со всех сторон.